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PCR产物及凝胶回收试剂盒--MagExtractor®-PCR & Gel Clean u

时间:2018-11-27 16:18:47来源:food栏目:仪器设备 阅读:

产品索引 5872
中文名称: PCR产物及凝胶回收试剂盒
英文名称: MagExtractor®-PCR & Gel Clean up-
产品编号: NPK - 600

产品类别:

分子生物学
生产厂家: TOYOBO
产品价格: 300元
产品规格: 50次

DNA Fragment Purification Kit

MagExtractor®

-PCR & Gel Clean up-

使用说明书

(Code No. : NPK – 601)

TOYOBO CO. , LTD.Biochemical Operation Department

OSAKAJAPAN

—目录—

[1] 前言 ........................................................................................... 1

[2] 纯化流程...................................................................................... 2

[3] 试剂盒中所包含的物品................................................................. 3

[4] 试剂盒以外所需要的其他物品...................................................... 3

[5] 回收DNA溶液............................................................................. 4

[6] 回收琼脂糖凝胶........................................................................... 5

[7] 疑难解答...................................................................................... 8

注意:

本试剂盒中所包含的都是研究用试剂。请不要用于诊断,临床等场合。在使用本试剂盒的时候,请严格遵守实验室的基本注意事项,注意安全。由于本试剂盒内含有对人体有害的试剂,所以请务必严格遵守各试剂的相关使用说明书,按要求使用保护罩等防护措施。


[1] 前言

MagExtractor - PCR & Gel Clean up-利用在Chaotropic(盐)试剂存在的情况下,核酸能吸附在硅胶上的特性1,用于手动对DNA片段进行纯化。本试剂盒采用磁硅胶粒子,若使用磁性台架,则能最大限度地减少复杂的离心操作,能够快速地的纯化DNA片段。

1)Proc. Natl. Acad. Sci. USA 76(2) 615-619(1979)

特征

·从DNA溶液(约100μl),以及TAE·TBE琼脂糖凝胶(约0.3g)中,

能够以平均回收率60~70%比例回收DNA片段(约100bp~50kbp)。

·能够在5分钟之内从DNA溶液中,或者在15分钟之内从琼脂糖凝胶

中回收DNA片段。

·由于在室温下琼脂糖凝胶可以被融解,因此无需进行加热反应。

* 要彻底去除混杂在回收液中的乙醇时则需要进行加热处理(55℃)。

试剂盒的用途

·脱盐,去除dNTPs。

·去除引物。

·去除酶(碱性磷酸酶等)。

·从电泳后的琼脂糖凝胶块中回收DNA。

回收的DNA的用途

·RI.Non-RI测序反应

·限制酶反应

·标记反应

·杂交反应

·连接反应

·转化反应

·扩增反应

[2] 纯化流程

下图显示为使用MagExtractor-PCR &

Gel Clean up-时的纯化流程。

纯化DNA片段

Elute

75%乙醇

洗净液

溶出液

磁石

磁性或离心分离

磁珠

Wash

Bind

Melt

凝胶块

吸附液

电泳后的凝胶

[3] 试剂盒中所包含的物品

本试剂盒中包含以下试剂。(200次份)

试剂量

保存条件

吸附液*

88ml

避光室温保存

洗净液*

132ml

室温保存

磁珠

7ml

室温保存

*吸附液,洗净液在低温情况下会析出结晶。请一边用手捂暖,一边

将其倒转混合让结晶溶解后使用。另外,吸附液及洗净液内含有蛋白

变性剂。在使用时务必注意,万一沾到身体,请立刻用清水冲洗。

[4] 试剂盒以外所需要的其他物品

1.试剂

·灭菌蒸馏水<溶出液>

·75%乙醇<洗净用>

2.器具,器材

·1.5ml小型试管用磁性台架

·简易台式离心机

·漩涡混合器

·Heat Block 55℃(用于在需要去除混于回收液中的乙醇的场合)

*可使用本公司的磁性台架Magical Trapper(Code No.:MGS-101)等产品。

[5] 回收DNA溶液 1.前言 ·本操作程序用于从DNA溶液(约100μl)中回收DNA片段。 ·能够回收的DNA大小约为100bp~50kb。另外,40bp以下的核酸 几乎能够被加以除去。 · 磁珠的最大吸附量为每30μl磁珠大约吸附5μg。使用时请以2.5μg左右为参考量。 ·能够从PCR反应液,限制酶反应溶液,碱性磷酸酶反应液等各种反 应液中回收DNA。 ·回收后的DNA,能够用于限制酶处理、测序、连接、标记、杂交等多种反应

2.操作程序

DNA溶液(100μl)1

↓← 400μl吸附液

↓← 30μl磁珠2)

↓不时用漩涡混合器搅拌,并放置约1~2min(室温)

B/F(固/液)分离3

↓←(600μl洗净液)4

↓漩涡混合器搅拌10sec,

B/F分离。3

↓←1ml75%乙醇4

↓漩涡混合器搅拌10sec,

B/F分离。3

瞬时高速离心,彻底去除上清部分。

(打开小型试管的盖子,55℃下放置5min,干燥)4

↓←25~100μl蒸馏水

↓漩涡混合器搅拌10sec,

(在无法充分将粒子分离的情况下,请用pipetting来分离粒子。)

↓放置2min

B/F分离,回收上清液。5

1)请尽量不要含矿物油。

2)使用磁珠前,请彻底悬浊混合后再使用。

3)将试管放置在磁性台架上,把磁珠挪近磁石,用微量移液器持续去除

上清部分。通过乙醇清洗时,可以通过将上清液倒入其他容器进行去除。

B/F分离时推荐使用对应于微型试管的磁性台架,但也可用简易台式离心机,用大约6,000r.p.m程度,5sec.的离心进行分离。g会根据离心机的转子口径而发生变化,所以请调整旋转数,使得能更有效地集合粒子,并保证凝结不至于过度。

4)请参照3.的表。

5)回收液中少量混入的磁珠并不会有碍下一次的反应,但在测定吸附度

等场合时,请通过瞬时高速离心除去磁珠。

3.关于工序的省略,纯化规模

·洗净工序,加热工序可以省略(请参照下表)

用途

洗净

干燥

备注

洗净液

75%乙醇溶液

测序,限制酶反应,连接反应等的前处理

1次

标准操作程序。回收的核酸能用于Low Buffer系列的限制酶切断。

盐的混入会产生影响的场合

2次

吸附液和洗净液含有高浓度的盐分。

乙醇的混入会产生影响的场合

1次(2次)

55℃,5min

用于易受乙醇影响的前处理。

要去除混入的酶的场合

1次

1次(2次)

用于去除碱性磷酸酶等。

要通过吸光度来准确定量核酸浓度的场合

1次

2次

吸附液内含有能吸收紫外线的物质。

·根据DNA溶液的量,可以按比例减少本试剂盒中附带的吸附液、洗净

液和磁珠的使用量。此时,无需减少75%乙醇溶液的使用量。

[6] 回收琼脂糖凝胶

1.前言

·本操作程序适用于从TAE或者TBE琼脂糖凝胶(约0.3g)中回收

DNA片段。本操作程序是以琼脂糖浓度2%以下的凝胶为对象。

要使用2%以上的凝胶时,推荐所使用凝胶的量少于0.3g。另外,本

操作程序不需要使用特殊的低融点琼脂糖凝胶。

·能够回收的DNA大小约为100bp~50kbp。

·回收后的DNA主要用于连接反应、标记、测序等反应。

2.操作程序

琼脂糖凝胶电泳,溴化乙锭染色。

在UV照射下(Long wave),为了使得目标条带尽可能地变小,使

用切割刀或手术刀等进行切开。

把切开的琼脂糖切细,放到1.5ml小型试管中。(此时称得重量,如

果大于0.3g则分几次进行。)1

↓←400μl吸附液

在凝胶完全溶解之前,将其放置在室温中,并不时进行搅拌。2

↓←30μl磁珠3

↓经常用漩涡混合器搅拌,并放置2min(室温),

B/F分离。4

↓←600μl洗净液

↓漩涡混合器搅拌10sec,

B/F分离。4

↓←1ml75%乙醇溶液5

↓漩涡混合器搅拌10sec,

B/F分离。4

瞬时高速离心,彻底去除上清部分。

(打开微型试管的盖子,55℃下放置5min,干燥)5


↓←25~100μl蒸馏水

↓漩涡混合器搅拌10sec

(在无法充分分开粒子的情况下,请用pipetting来分散粒子。)

↓放置2min

B/F分离,回收上清液6

1) 将琼脂糖凝胶制成切片,以利于溶解。

2) 如果想要快速溶解琼脂糖凝胶或凝胶难以溶解时,请加温至55℃

5min。

3) 使用磁珠前,请彻底混合后再使用。

4) 将试管放置在磁性台架上,把磁珠挪近磁石,用微量移液器持续去

除上清部分。要洗净乙醇,也可以通过将上清液倒入其他容器来去除。

B/F分离时推荐使用对应于微型试管的磁性台架,但也可使用简易台式离心机,用大约6,000r.p.m程度,5sec.的离心进行分离。g会根据离心机的转子口径而发生变化,故请调整旋转数,使得更有效地集合粒子,并保证凝结不至于过度。

5) 请参照3.的表。

6) 回收液中混入少量磁珠并不会有碍下一次的反应,但在测定吸附

度等场合时,请通过瞬时高速离心除去磁珠。

3.关于工序的省略,纯化规模

·洗净工序,加热工序可以省略(请参照下表)

用途

洗净

干燥

备注

洗净液*

75%乙醇溶液

连接反应, 测序等

1次

1次

标准操作程序。

盐的混入会产生影响的场合

1次

2次

吸附液和洗净液中含有高浓度的盐分。

乙醇的混入会产生影响的场合

1次

1次(2次)

55℃,5min

用于容易受乙醇影响的前处理。

要通过吸光度来准确定量核酸浓度的场合

1次

2次

吸附液内含有吸收紫外线的物质。

*从琼脂糖凝胶中回收核酸时,必须用洗净液清洗。


·根据DNA溶液的量,可以按比例减少本试剂盒中附带的吸附液、洗净

液和磁珠的使用量。此时,无需减少75%乙醇溶液的使用量。

[7] 疑难解答

1.回收量低

原因

对策

去除乙醇不彻底

瞬时高速离心后,请仔细去除75%乙醇溶液。

溶出不充分

通过10mM Tris-HCI(pH8.0),或者TE buffer能够提高溶出的效率。另外,如果加温至55℃保持2min能够更加有效地提高溶出效率。

吸附时间不合适

如果吸附过剩,回收量则会变少。最恰当的吸附时间是,对于DNA溶液为1~2min,对于凝胶则为2min。

溶出时的搅拌不充分

溶出时,如果磁珠的混合不充分,回收量会减少。在瞬时高速离心后,磁珠会在底部结块,请仔细将其散开。特别是在从琼脂糖凝胶中进行纯化的时候,结块的磁珠会比较难以重新散开。

琼脂糖凝胶的量大于0.3g

请减少琼脂糖凝胶的量。

使用2%以上的琼脂糖

请减少琼脂糖凝胶的量。

没有用洗净液清洗

从琼脂糖凝胶中回收DNA时,请务必先用洗净液清洗。

2.回收的核酸的吸光度不准确

原因

对策

清洗不充分

吸附液中含有吸收紫外线的物质。要对回收的核酸定量,请用洗净液以及75%乙醇溶液来清洗。

混入了吸附液

吸附液中含有吸收紫外线的物质。请仔细去除吸附液。用面纸等擦拭试管的盖子上沾有的吸附液,可以有效改善状况。


3.回收后的核酸不能良好地进行反应

原因

对策

盐阻碍了反应

请添加两次75%乙醇溶液进行清洗的工序。吸附液和洗净液都含有高浓度的盐分。

乙醇阻碍了反应

请按照操作程序,对乙醇进行干燥处理。

酶未能完全去除

要去除反应液中的碱性磷酸酶等酶,请用洗净液以及75%乙醇溶液进行清洗。

反应用的酵素过少

从琼脂糖凝胶中回收核酸时,反应用的酶量应比通常要多,这样就能得到准确良好的结果。

使用的琼脂糖级别不够

请使用高级别的琼脂糖。

从琼脂糖凝胶中分离条带时,受到的紫外线照射过多

请用Long wave(365nm附近)的紫外线来进行切片工作。

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